根据2015版《中国药典》9204微生物鉴定指导原则，大多数非无菌药品生产过程和部分无菌生产环境的风险评估中，对所检出微生物需要进行常规特征分析，即可满足要求。对于非无菌产品的控制菌检查一般应达到种属水平。无菌试验结果阳性和无菌生产模拟工艺失败时，对检出微生物鉴定至少进行达到种属水平，必要时达到菌株水平。以下简单介绍一下微生物鉴定方法。
      首先通过初筛试验，确定纯化后的待检菌株的基本微生物特征，进行初步分类。常见的初筛试验包括革兰染色、芽孢染色、镜检观察染色结果和细胞形态、重要的生化反应。其中生化筛选试验包括氧化酶试验、过氧化氢酶试验和凝固酶试验。初筛实验结果将为后续鉴定试验提供依据。
      通过比较微生物的菌落形态、理化特征和特征化学成分与典型微生物的差异进行的微生物鉴别，属于微生物表型鉴定，是经典的微生物分类鉴定法。目前已有多种商业化的生化鉴定系统，为实验人员省去了繁琐的实验量，如API试剂条鉴定系统、VITEK 全自动鉴定系统、Biolog自动微生物鉴定系统。近年来一种新型的表型方法，介于表型和基因型之间的MALDI-TOF质谱法在微生物检定领域也取得了较快的发展。在表型鉴定时，应注意采用适宜的培养基、培养时间和传代次数对鉴定结果的影响。通常进行生化鉴定需要待检菌为新鲜培养物。
      微生物基因型通常不受生长培养基或分离活性的影响，只需分离得到纯菌落便可用于分析。但是技术水平需要保证，还需要昂贵的分析设备和实验材料。基因型鉴定包括16S rDNA、18S rRNA和ITS区测序鉴定、限制性内切酶片段长度多态性(RFLP)、MLST、全基因组测序等。RiboPrinter 微生物鉴定系统是基于RFLP技术来区分菌株，有助于溯源分析进行风险评估。当然，鉴定的终极手段是包含微生物所有遗传信息的全基因组测序。